Masjid AR. Fachruddin dibangun pada tahun 1995 dan diresmikan oleh Presiden BJ. Habibie (Presiden RI ke 3) pada tahun 1998. Masjid ini terdiri dari 5 lantai yang dimanfaatkan selain untuk tempat peribadatan juga untuk perkuliahan dan perkantoran.

Tempat peribadatan berada dilantai 3 sampai lantai 5. lantai 2 digunakan untuk perkantoran takmir masjid, perpustakaan, ruang perkuliahan, laboratorium Psikologi, tempat wudhu’ dan aula. Lantai 1 digunakan untuk perkantoran, bank, kantin, Kopkar, ATM, dan laboratorium, bimbingan konseling, poliklinik, radio UMM FM dan beberapa kantor pusat studi.